bioMérieux lance EPISEQ^® SARS-COV-2, une application logicielle sur le cloud pour la surveillance épidémiologique des variants du SARS-CoV-2

La mutation virale est un phénomène naturel qui conduit à l'apparition de variants dont les caractéristiques peuvent être différentes. Aujourd'hui, plusieurs variants du SARS-CoV-2 circulent dans le monde. Certains d’entre eux font l'objet d'une attention particulière en raison de leur impact sur la pandémie (infectiosité ou gravité accrue de l'infection, risque d'inefficacité du vaccin). La surveillance génomique de la circulation des mutants est donc primordiale pour la santé publique.

Lancée à l'échelle mondiale, EPISEQ^® SARS-COV-2 est une nouvelle application destinée à identifier les variants du SARS-CoV-2 à partir d'échantillons de patients positifs. Mise à jour automatiquement chaque semaine, la plate-forme identifie les variants sur la base des nomenclatures internationales*, notamment les nouveaux variants préoccupants tels qu'ils sont définis par l'Organisation mondiale de la santé et les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) américains.

EPISEQ^® SARS-COV-2 est compatible avec trois des plates-formes de séquençage les plus répandues (Illumina, Oxford Nanopore, Thermo Fisher) et facile d’utilisation par tous types de laboratoires, même ceux qui ne possèdent pas de  connaissance en bioinformatique ou ne disposent pas de ressource informatique.

L'application permet d'exporter les assemblages du génome viral et les mutations identifiées afin de faciliter le partage d’information aux autorités nationales de santé publique et la réalisation d’études épidémiologiques.

« Aujourd'hui, les microbiologistes traitent de très grandes quantités de données et doivent les traduire en connaissances ayant un impact sur les décisions cliniques et les actions de santé publique. EPISEQ^® SARS-COV-2 répond parfaitement à cet objectif. Il permet l'analyse et l’interprétation des données produites par séquençage sans nécessiter de compétences particulières en bioinformatique ni d'investissements matériels importants. » explique Mark Miller, Directeur Exécutif, Affaires Médicales.

S'appuyant sur ses compétences en microbiologie et en informatique, bioMérieux a développé BIOMÉRIEUX EPISEQ^®, plate-forme de traitement de données génomiques sur le cloud qui aide les laboratoires à utiliser les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) et à interpréter leurs résultats. Plusieurs applications d’analyse de données NGS, sur le cloud, sont développées sur cette plate-forme.

« La stratégie de bioMérieux consiste à exploiter le potentiel considérable des données diagnostiques pour soutenir la lutte contre les maladies infectieuses. C'est pourquoi nous avons décidé, en début d'année, de nous appuyer sur nos larges compétences en science des données, en développement de logiciels et en bioinformatique pour développer une application facile à utiliser, destinée à nos clients qui utilisent le séquençage de nouvelle génération pour identifier les variants du SARS-CoV-2. » déclare Pierre Boulud, Directeur Général Délégué, Opérations Cliniques.

* Pango et Nextstrain